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政府捐助財團法人係政府爲達成特定政策或行政目的，透過組織設置條例或行政命令等方式而捐助成立。然而，近年來我國政府捐助財團法人卻發生諸多問題，例如董事席次的爭議、酬庸退休官員擔任董事，以及財產不當處理或運用等現象，仍無法有效處理與防制等，引起各界的關注。政府捐助財團法人爲民法規範之私法人，惟本身兼具「公」與「私」的雙重性格，難免顯現與民主責任政治的衝突本質，實有賴績效考核制度之設置，強化與多元利益關係人的層級課責，以滿足民眾與國會期望。據此，爲兼顧政府捐助財團法人短期和長期發展，以及財務與非財務之平衡關係，本文試從平衡計分卡與法人治理相關文獻，建構政府捐助財團法人績效構面與考核項目，藉由層級分析法之實證調查來解析其權重的先後順序，提出政府捐助財團法人績效考核制度設計之建議，俾利監督機關未來建立監督管理的課責機制。研究發現，在N1或N2樣本中，依績效構面權重值的排序結果，法人治理的重要性最高，依序爲業務活動、財務管理和內部管理。然而，若將N1樣本區分成學術界與實務界兩類，學術界認爲法人治理構面居首，接著爲業務活動、財務管理和內部管理；另外，實務界則呈現不同偏好，順次爲業務活動、內部管理、財務管理及法人治理。

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